Matamoros est un nom de personne, le reste des exemples mentionnés sont des noms de lieu. Là réside peut-être le sens différent de "mata".

J’avance une hypothèse. Se faire appeler Matamoros à une époque où combattre l’ennemi du pays et de la foi était véritablement un titre d’honneur, la reconnaissance d’un mérite, cela a du sens. On tuait des Maures dans le champ de bataille sous les bannières sacrées de la religion et sous les ordres du roi. Par contre quand on tuait des Juifs c’était à l’occasion d’émeutes et de pogroms. On tuait donc des civils dans des circonstance pas trop nobles. Un Matamoros était un guerrier vaillant, un Matajudíos aurait été un simple égorgeur. Personne ne se serait réclamé de ça. 

Le saint patron de l’Espagne c’ est Santiago Matamoros. On le représente avec une épée et écrasant sous son cheval un Maure. Donc aucun doute possible sur l’étymologie du nom.

Je pense qu’ on n’aurait pas voulu perpétuer le souvenir d’un pogrom (un acte de violence populaire avec les excès et les horreurs qui vont avec) en ajoutant au nom du lieu un "Matajudíos". Enfin, c’est une idée.

Le préfixe "mata" donc peut avoir deux sens différents selon le cas. Il ne peut pas toujours dire exclusivement l´une ou l´autre chose. Sans quoi on devrait penser que si Matamoros veut effectivement dire tueur de Maures, Matalascañas voudrait dire nécessairement tueur de roseaux, ce qui n’a aucun sens.

Quant au couteau "matajudíos", cela s’explique. Sur le champ de bataille on combat avec une épée (lance, arc, etc...). L’épée c’est l’arme d’un soldat ou d’un noble. Pour égorger des civils dans une émeute on avait recours à la populace qui se servait de couteaux (de haches, de fourches...). Donc, l’existence de ces "cuchillos matajudíos" a une histoire.

À part cela les Espagnols sont farceurs et ça ne m’étonnerais pas que ces couteaux soient en réalité des "cuchillos para capar cerdos" et que par dérision et moquerie on disait "Passe-moi le couteau à tuer des Juifs" quand il s´agissait de castrer les porcs (*). Ce serait étonnant quand même que ces braves gens (les Espagnols sont des bonnes poires, serviables et hospitaliers comme pas deux) qui ne tuaient des Juifs que lorsque la coupe était bien pleine (la coupe pleine avec des Juifs, ça alors !) avait des couteaux exclusivement pour ça.

(*) En plus, les Juifs (convertis) étaient appelés "marranos", c´est-à dire cochons. Tout ça me vient à l´esprit pêle-mèle. Ne me prenez pas trop au sérieux sur tout.